يتكون الهيكل التنظيمى للمجلس الأعلي للإقتصاد العربي إلافريقي من مجموعات عمل أنشئت لتحديد إسلوب عمل المجلس عبر قنوات منتظمة لتحقيق أهداف المجلس بشكل يتسم بالشفافية ويعكس مسئولية الإدارة العليا للمجلس عن دعم وصنع القرار بما يؤكد علي شمول المجلس لكوادر تتبني رؤية المجلس وتسعى للنهوض بمسيرته وتحقيق أهدافه

ومن المعلوم أن الهيكل التنظيمى للمجلس الأعلي للإقتصاد العربي الافريقي تم وضعه وفق المعايير الدولية التي تواكب التطور التكنولوجى في الآونه الحاليه بما يحقق تقدم ثقافي حضارى يتناسب مع عمل الدول المتعاونة مع المجلس