يتكون الهيكل التنظيمى للمجلس الأعلي للإقتصاد العربي إلافريقي من مجموعات عمل أنشئت لتحديد إسلوب عمل المجلس عبر قنوات منتظمة لتحقيق أهداف المجلس بشكل يتسم بالشفافية ويعكس مسئولية الإدارة العليا للمجلس عن دعم وصنع القرار بما يؤكد علي شمول المجلس لكوادر تتبني رؤية المجلس وتسعى للنهوض بمسيرته وتحقيق أهدافه

ومن المعلوم أن الهيكل التنظيمى للمجلس الأعلي للإقتصاد العربي الإفريقي تم وضعه من قبل متخصصين وفقا للمعايير الدولية التي تواكب التطور التكنولوجي بما يحقق تقدم حضارى يحافظ علي هوية كل دولة ثقافيا دون التدخل في الشأن الداخلي لأي دولة من الدول المتعاونة مع المجلس بما يعكس رؤية المجلس ورسالته نحو تحقيق أهدافة